El 25 de Julio de 2005 se estableció un convictorio en la Parroquia Santo Tomas Moro como casa de formación para los seminaristas; quienes estaban en el ciclo teológico vivían en este lugar y se desplazaban todos los días a recibir la formación académica en el Seminario Conciliar de San José de la Arquidiócesis de Bogotá. Los seminaristas del ciclo filosófico residían en éste y se desplazaban el sábado en la mañana al convictorio, y de allí salían a los diversos apostolados parroquiales asignados. Los seminaristas del propedéutico permanecían en él.
El primer Rector del Seminario Mayor Santiago Apóstol, fue el padre Luis Fernando León Robayo. El equipo formador externo estaba conformado por los padres Pedro Rodríguez, Javier Baquero y José Javier Robayo. Todos los seminaristas recibían la formación académica en el Seminario Mayor San José de la Arquidiócesis de Bogotá hasta el año 2009.
El 24 de enero del 2009 se inauguró la primera etapa de la sede definitiva del Seminario Mayor Santiago Apóstol en el barrio Tintalá. Los seminaristas de los ciclos filosófico y teológico vivían internos y los estudios académicos los realizaban en la Universidad Agustiniana, de acuerdo al convenio realizado entre ésta y el Seminario y a partir de enero del 2010. El ciclo propedéutico se inicia en la sede del convictorio, allí residen y reciben la formación académica, el cual funciona así, durante dos años; a partir de enero del 2011 el propedéutico se traslada a la sede actual.
Desde el año 2018, el Seminario establece convenio con la Pontificia Universidad Javeriana, entidad que hasta la fecha presta los servicios académicos al Seminario.
En julio del 2018 el padre Javier Darío Munar Peña es enviado como director de la etapa Propedéutica y delegado de pastoral vocacional, en reemplazo del padre Javier Robayo Barbosa, quien fue enviado como párroco de la parroquia de San Juan Pablo II.
En diciembre de 2019, fue nombrado rector el padre José Carlos Manzano Ascanio, en reemplazo del padre Wilson Alfonso Mejía Naranjo, (actual párroco de La Medalla Milagrosa) y el padre Gerardo Alveiro Rojas Gómez, asumió como director espiritual de la casa de formación, en reemplazo del padre Carlos Humberto Bernal quien fue nombrado párroco de la parroquia San Justino Mártir.
En el periodo comprendido de marzo del 2020 al primer semestre del año 2021, a causa de la pandemia de la Covid-19, el seminario funcionó de manera remota, siguiendo los procesos formativos y académicos.
El 05 agosto de 2021, como quinto rector, fue nombrado el padre Pedro José Rodríguez Baldión, sucediendo al padre José Carlos Manzano. En enero del año 2022, retorna el padre Olegario Bautista Garay Morales, al equipo de formadores del Seminario como administrador de la casa. El equipo formador está conformado por el Rector, el director espiritual, el director de la etapa propedéutica, administrador del Seminario y un formador externo.